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【CVIA研究论文】基于综合生物信息学分析扩张型心肌病潜在关键基因和相关分子
作者:    来源:   时间:2023-07-05   访问量: 277  

扩张型心肌病(Dilated cardiomyopathy, DCM)是一种以左心室不明原因的扩张和收缩功能障碍为特征的非缺血性心脏病,在全球范围内仍有较高的发病率与死亡率。虽然既往研究发现多种遗传或后天因素会影响DCM的发生发展,但该疾病的确切病理机制仍不清楚,需要更多的研究进行进一步的探讨。近年来,微阵列和高通量测序技术的生物信息学分析已被广泛用于探索疾病相关的基因、生物过程和生物标志物,这也为全面了解DCM的发病机制提供了更有价值的手段。

近期,重庆医科大学附属第二医院佘强教授团队在CVIA杂志发表一篇题为《Identifying Key Genes and related molecules as potential biomarkers in Human Dilated Cardiomyopathy by Comprehensive Bioinformatics Analysis》的原创研究论文。

该研究采用大样本量的高通量测序和微阵列谱数据来筛选DCM合并心力衰竭患者的关键致病基因,并对其富集信号通路和小分子化合物进行了预测。

通过加权基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-Expression Network Construction, WGCNA)、差异基因以及PPI分析,研究发现COL3A1、COL1A2、LUM和THBS4在DCM合并心力衰竭患者的心脏标本中高表达并且可能发挥关键致病作用,进一步的LASSO回归模型提示了4个hub基因作为DCM生物标志物的可能性。此外,基因富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)提示4个基因在纤维化通路中显著富集,包括细胞外基质通路、TGF-β通路以及细胞粘着斑通路。研究还发现3个miRNA(hsa-let-7b-5p、hsa-let-7c-5p和hsa-miR-29b-3p)和30个环状RNA(GIT2_hsa_circRNA10114、ANKRD52_hsa_circRNA9983、JARID2_hsa_circRNA6618等)与DCM相关。

本研究结果表明,4个hub基因均与DCM的发生发展有显著的相关性。虽然既往相关研究也提示了这4个基因与DCM的可能联系,但并未强调其在DCM中的重要性。本研究使用大样本量的数据集进行分析(共纳入252例DCM患者和182例健康供体进行分析),并应用多种生物信息学分析方法共同筛选,最后筛选出的4个hub基因在另一个大样本量数据集中进行验证(37例DCM患者和14例健康供体),发现COL3A1、COL1A2、LUM和THBS4在DCM可能发挥重要作用。本研究的结果对于DCM的后续实验研究具有一定参考价值,但仍存在一定局限性,4个hub基因在DCM中扮演的具体角色仍需进一步的挖掘。

通讯作者简介:

佘强

佘强,医学博士,主任医师,二级教授,博士研究生导师,重庆英才名师名家,重庆市学术技术带头人,重庆市心血管内科研究生导师团队带头人。中华医学会心血管病分会精准心血管病学学组委员,中国医师协会中西医结合医师分会心血管病学专委会委员,中国老年医学学会心血管病分会委员,重庆市中西医结合学会高血压专委会主任委员,重庆市医学会心血管病专委会冠心病学组组长,卫生部心血管疾病介入诊疗(冠心病和心律失常)培训基地导师。曾在德国科隆大学医院心脏中心留学。承担国家级及省部级课题10余项,发表学术论文100余篇,其中SCI期刊发表50余篇。

原文链接:(点击下方阅读原文可直达)

https://www.scienceopen.com/hosted-document?doi=10.15212/CVIA.2023.0018

关于 CVIA

Cardiovascular Innovations and Applications(CVIA)期刊是长城国际心脏病学大会(长城会)的官方期刊。自2015年创刊以来,CVIA已连续出版7卷,每篇文章都凝聚着全球心血管专家的智慧结晶。CVIA期刊由首都医科大学附属北京安贞医院、郑州大学第一附属医院心血管病医院董建增教授和佛罗里达大学健康学院的Jamie Beth Conti教授担任共同主编,由来自爱尔兰的Compuscript公司负责出版工作。

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