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Zoonoses综述 | 埃及儿童、犊牛和环境中轮状病毒的流行情况分析
作者:    来源:   时间:2023-06-07   访问量: 340  

The Epidemiology of Circulating Rotavirus Associated with Diarrhea in Egyptian Kids and Calves: A Review

埃及儿童、犊牛和环境中轮状病毒的流行情况分析

作者:Ahmed H Ghonaim, Mai G Hopo, Noha H Ghonaim, Yunbo Jiang, Qigai He, Wentao Li

近日,华中农业大学动物医学院李文涛教授团队在Zoonoses 发表了一篇综述,《 The Epidemiology of Circulating Rotavirus Associated with Diarrhea in Egyptian Kids and Calves: A Review》(埃及儿童、犊牛和环境中轮状病毒的流行情况分析)。

自1981年轮状病毒首次在人和犊牛中被报道以来,由轮状病毒所引起的急性胃肠炎一直是埃及的主要公共卫生问题。轮状病毒包含RNA病毒基因组,由于RNA聚合酶固有高突变特性,致使病毒在流行过程中,容易累积新的突变,导致新的基因型出现,此外,分节段的基因组,在混合感染期间也容易出现重组导致新的基因型和血清型的出现,这也是轮状病毒所属的Reoviridae家族的一个特征。轮状病毒的基因组包括11个双链RNA基因片段,编码6个非结构蛋白(NSP1-6)和6个结构蛋白(VP1-4、VP6、VP7)。A群轮状病毒具有人兽共患的潜力,能感染包括人和牛在内的多种哺乳动物,并导致腹泻症状。有效预防和控制牛和人轮状病毒的主要策略是疫苗接种;然而,在埃及的国家免疫计划中尚未实施常规的轮状病毒疫苗接种,这也是导致该病毒在埃及广泛流行的主要原因之一。

本文汇总了过去30年中发表的有关埃及儿童、犊牛和环境样本中轮状病毒检出情况及其基因分型。分析显示,轮状病毒的总体流行率为15%-100%,虽然腹泻在一年中均会发生,但一般在寒冷季节高发。在整个研究期间,G1型是引起儿童轮状病毒感染的主要病毒基因型,其次是G2、G3、G4、G8、G9和G12。P[8]、P[4]和P[6]是主要的P基因型,占埃及人类轮状病毒近99%。2002年,P[8]为最流行的基因型,2009年至2022年,P[8]占所有检测到的P基因型的50%以上。

只有两项研究对埃及的牛轮状病毒毒株进行了基因分型,分型结果表明G6是最主要的基因型,其次是G10;P[5]是最主要的血清型,其次是P[11],只有一个病例显示有P[5]和P[11]混合感染的情况。由于G8P[14]毒株首次从儿童粪便中分离出来,进化分析表明,该病毒与牛的G8群病毒高度同源,表明该病毒可能来自于牛。在埃及的单峰骆驼中也检测到两个A群轮状病毒分离株,其中VP7序列分析显示,这两个分离株与牛的G10基因型毒株高度同源。

针对环境水样中轮状病毒的检测情况表明,2000年以前,G1是在污水中检测到的主要基因型。此后,不同的基因型如G1、G2、G3和G9在特定的时间段和特定的地理区域中占据优势。在本综述所调查的文献报道中,污水中最常报道的是P8 基因型。

对于埃及人类、动物和环境样本中的轮状病毒感染的分子数据,以及轮状病毒疾病的人畜共患潜力,仍然存在知识差距。因此,继续在埃及进行轮状病毒监测以进一步了解轮状病毒感染的流行病学和新出现的基因型至关重要。

表1 轮状病毒每种基因片段基因型数量及编码蛋白的生物学功能

图1 轮状病毒传播方式

图2 1992~2022年埃及儿童样本中分离的轮状病毒G基因型分布

图3 1992~2022年埃及儿童样本中分离的轮状病毒P基因型分布

图4 埃及小牛中轮状病毒G基因型患病率

图5 埃及小牛中轮状病毒P基因型患病率

图6 埃及污水样本中轮状病毒G基因型患病率

图7 埃及污水样本中轮状病毒P基因型患病率

通讯作者信息

李文涛,教授,华中农业大学动物医学院教授,2022年度全球高被引科学家入选者。其课题组主要围绕冠状病毒和非洲猪瘟病毒等重大动物疫病病原开展研究。主要的研究方向为:1)非洲猪瘟病毒和冠状病毒(包括PEDV、PDCoV、IBV)等动物病毒的受体鉴定;2)冠状病毒纤突蛋白的蛋白酶激活机制;3)利用结构生物学手段解析病毒与宿主互作的分子机制。迄今为止,在PNAS、Nat. Commun.、Sci. Adv.等杂志上发表了70多篇文章,共被引用7000多次。

Ahmed Hamdy Ghonaim是埃及Desert Research Center的助理讲师。他先后在埃及Suez Canal University获得了兽医学的学士学位和硕士学位。他现在是中国华中农业大学预防兽医学系的博士研究生。他博士期间主要围绕轮状病毒和其他人畜共患病毒的新型诊断技术和疫苗等方面开展研究。

原文链接:https://www.scienceopen.com/hosted-document?doi=10.15212/ZOONOSES-2023-0004

 
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